Eind 1941 had Rauter de leiders van de Nederlandse politie die hem probeerden te dwarsbomen of zijn besluiten te saboteren weggewerkt. De politieschool in Schalkhaar met de naam Politieopleidingsbataljon was er gekomen. In 1942 wilde hij een stap verder gaan met het vormen van een politie die beantwoordde aan het ideaal van het nationaal-socialisme. Om dat doel te bereiken moesten de lagere rangen van onwelwillend personeel gezuiverd worden en vervangen door Nederlandse nazi’s.
In mei 1942 kregen alle officieren van de Marechaussee een brief in de bus waarin hen werd bevolen zich te melden ter controle. Dit was een valstrik want alle officieren werden opgepakt en naar een Duits krijgsgevangenkamp overgebracht. Kort daarop vond er in het hele land een ontslaggolf plaats. Politiemannen van wie werd aangenomen dat zij het Duitse Rijk vijandig gezind waren werden ontslagen en kwamen in aanmerking om gedwongen in Duitsland te moeten gaan werken. Hiermee zat de angst er bij de meeste politiemannen goed in.
In de herfst van 1942 begonnen de deportaties van de joden in Nederland. Aangezien de meeste joodse mensen in Amsterdam woonden eisten de Duitsers dat de Amsterdamse gemeentepolitie hieraan zou meewerken. Tijdens het grote ophalen van de joden verleenden politiemannen, zij het vaak met tegenzin, hand- en spandiensten voor de Duitsers. In kleinere plaatsen haalden gemeenteveldwachters de joden individueel op om ze over te dragen aan de Duitse instanties. Leden van de Marechaussee werden ingezet bij het bewaken van het kamp Westerbork en het begeleiden van joden naar en uit het kamp. Hierdoor kreeg de Nederlandse politie de weinig benijdenswaardige reputatie van een orgaan dat met de bezetter collaboreerde.
Het eind van 1942 en begin 1943 toonden aan dat de Duitsers niet
onoverwinnelijk waren. Ze verloren de slag bij El Alamein en die om Stalingrad en het leek er sterk op dat zij de oorlog wel eens konden verliezen. Daar kwam bij dat in februari 1943 Nederlandse kerken politiemannen het verbod oplegden nog langer mee te werken aan het oppakken van jonge mannen voor gedwongen arbeid in Duitsland en het aanhouden en overdragen van joden aan de Duitsers. Hiermee werd het eerste actieve verzet binnen de politie ingeluid. In Utrecht zagen zich veel politiemannen gesterkt en zij weigerden openlijk deze opdrachten uit te voeren. De groep Grootegast van de Marechaussee weigerde ook collectief. Het resultaat was dat de mannen in Utrecht met ontslag en arrestatie bedreigd werden waarna een aantal van hen onderdook. De leden van de groep Grootegast werden allen gearresteerd en gevangengezet en later naar concentratiekampen gestuurd.
Met deze ontwikkeling werden de verhoudingen binnen de politie op scherp gezet en nam het aantal onderduikers en dienstweigeraars snel toe. Rauter gaf daarop de opdracht om familieleden van politiemannen die zich aan de dienst onttrokken op te sluiten. Als gevolg hiervan zaten eind 1943 ongeveer 150 vrouwen en kinderen in Vught vast omdat hun vader, zoon of broer was ondergedoken. Parallel hieraan werden steeds meer politiemannen die nationaal-socialist of lid van de SS waren doodgeschoten. Niet zelden gebeurde dat met de wapens van ondergedoken collega’s. Politiemannen of ex-politiemannen die anti-Duits waren, kwamen dus steeds meer tegenover nationaal socialistische collega’s te staan.
Daarbij kwam ook nog eens dat de Nederlandse politie in maart 1943 voor de derde keer gereorganiseerd werd. In zeven grote steden kwam nu de staatspolitie en op het platteland de Gendarmerie die gevormd werd uit de samengevoegde gemeenteveldwacht en de Marechaussee. In de middelgrote gemeenten bleef de gemeentepolitie bestaan. Opvallend was dat de Nederlandse politie qua uniform steeds meer was gaan lijken op de Duitse politie.
Toch moest Rauter eind 1943 wel erkennen dat zijn plannen voor de Nederlandse politie maar zeer ten dele gelukt waren. De reorganisatie was een feit, maar de loyaliteit van de agent was daarmee niet gekocht, integendeel. De haat tegen de bezetter was groot en knarsetandend werd er dienst gedaan en waar mogelijk werden er de kantjes van afgelopen.
